Didirikan secara notarial tanggal 19 Mei 1969 sebagai Perseroan Terbatas (PT) Bogasari Flour Mills dengan fungsi sebagai pengolah yang menggiling gandum menjadi tepung terigu. Sedangkan Badan Urusan Logistik (BULOG) bertindak sebagai importir gandum dan distributor tepung terigu.

Bogasari resmi beroperasi sebagai pabrik penggilingan gandum yang berlokasi di Tanjung Priok, Jakarta Utara dan meluncurkan tiga merek produk perdana yaitu Cakra Kembar, Segitiga Biru, dan Kunci Biru.

Pabrik Bogasari yang ke-2 yang berlokasi di-Tanjung Perak, Surabaya resmi beroperasi. Didirikannya pabrik ke-2 Bogasari di Surabaya dalam rangka meng-cover kebutuhan tepung terigu di-wilayah Indonesia bagian timur.

Dan untuk menunjang lini businessnya, pada tahun 1977 didirikan Pabrik Pembuatan Kantong Terigu yang berlokasi di Citeureup, Jawa Barat.

Pada tahun 1977 Bogasari juga mengoperasikan kapal-kapal pengangkut gandum yang dikelola oleh Divisi Maritim Bogasari

Pada tanggal 15 Oktober 1981, diresmikan berdirinya Baking School di areal pabrik Bogasari Jakarta, sebagai unit pelatihan pengolahan makanan berbasis terigu yang sekarang bernama Bogasari Baking Center (BBC). Saat ini BBC sudah beroperasi di 17 kota dan memiliki 20 cabang.

Bogasari terus melakukan diversifikasi businessnya dan pada tanggal 18 Desember 1991 Bogasari mengoperasikan Pabrik Pasta yang memproduksi jenis makanan asal Italia seperti Spagetti, Spagettini, Fetucini, Vermicelli, dan Macaroni dengan merek La Fonte.

PT Bogasari Flour Mills diakuisisi oleh PT Indocement Tunggal Prakarsa dan berganti status menjadi Divisi bukan lagi PT.

Penandatanganan MoU antara Bogasari dengan Koperasi Industri Kerajinan Rakyat Mie dan Bakso (Kopinkra Miso). Peristiwa ini menandai perhatian yang lebih serius Bogasari terhadap khususnya para pengrajin mi melalui koperasi, kelompok arisan dan paguyuban seperti Paguyuban Mie Tunggal Rasa, Gabungan Pengrajin Mie dan Roti (Garamiro) dan lain-lain.

Bogasari meraih Sertifikat ISO 9002 Versi 1994 untuk standar mutu, yang saat ini dikenal sebagai ISO 9001 versi 2008.

Dalam rangka Hari Pangan Sedunia, meluncurkan Bogasari Nugraha sebagai penghargaan bagi para peneliti unggul di bidang gandum dan tepung terigu yang sekarang menjadi Indofood Riset Nugraha.

Menjadi produsen tepung terigu pertama yang memiliki produk yang sudah difortifikasi dengan vitamin berupa zat gizi besi sesuai dengan motto “Bogasari Turut Membangun Gizi Bangsa”.

Bogasari membuka depo pertama di Belawan, Medan, pada tanggal 27 April 1999 dan terus berkembang. Sampai saat ini sudah memiliki 28 depo yang tersebar di puluhan provinsi Indonesia.

Disamping ke-3 merek-merek perdana, pada tanggal 22 Desember 1999 Bogasari mulai meluncurkan merek-merek baru yakni Cakra Kembar Emas, dilanjutkan dengan Lencana Merah dan lain-lain.

Bekerja sama dengan Departemen Pertanian RI dan Departemen Pertanian India mengembangkan proyek penanaman gandum “Gandum 2000 Bogasari” di sejumlah lokasi di seluruh Indonesia melalui lembaga riset pertanian beberapa kampus seperti Institut Pertanian Bogor, Universitas Brawijaya Malang, Universitas Sebelas Maret Solo, dan Universitas Kristen Satya Wacana Salatiga.

Menerbitkan Majalah  Wacana Mitra  sebagai media pembelajaran UKM mitra binaan Bogasari.

Memperoleh sertifikat HACCP untuk standar keamanan pangan, yang tahun 2007 dikonversi menjadi ISO 22000 versi 2005. 

Memperolah Sertifikat Sistem Manajemen Kesehatan dan Keselamatan Kerja (SMK3).

Dalam rangka memberikan layanan yang lebih prima kepada para mitranya, pada tanggal 14 Oktober 2003, Bogasari meluncurkan fasilitas Layanan Pelanggan Bogasari (Lagansa) sebagai call centre untuk menampung pertanyaan, keluhan, harapan masyarakat pengguna tepung terigu Bogasari dengan nomor layanan 0807-1-800-888. 

Memperoleh sertifikat OHSAS 18001 versi 1999 yang saat ini dikenal sebagai OHSAS 18001 versi 2007 tentang standar Keselamatan dan Kesehatan Kerja (K3).

Meluncurkan benefit program Asuransi Kecelakaan Diri dan Asuransi Kesehatan untuk UKM anggota BMC.

Bogasari memperoleh sertifikat ISO 14001 versi 2004 untuk standar lingkungan.

Memperoleh Sertifikat Produk Penggunaan Tanda SNI 3751 versi 2006 dari Balai Besar Industri Agro ABI-Pro, yang saat ini dikenal sebagai SNI 3751 versi 2009.

Meluncurkan benefit program Asuransi Kebakaran Lokasi Usaha untuk UKM anggota BMC.

Memperoleh Sertifikat Sistem Jaminan Halal (SJH) dari LP-POM-MUI.

Mendapat Sertifikat ISO 17025 versi 2008 untuk standar mutu jasa pengujian laboratorium di tahun 2012 dari Komite Akreditasi Nasional.

Sejalan dengan perkembangan jaman dan tuntutan konsumen maka pada tahun 2013 Bogasari meluncurkan inovasi baru dan meluncurkan produk/inovasi berupa :

1.    Tepung Premiks Cepat Saji “Chesa” dengan 5 varian sekaligus yakni Cookies, Pancake, Pao, Soes, Truffle, bahkan pada tahun 2014 Bogasari telah meluncurkan kembali variant pilihan lainnya, yaitu Kue Lumpur, Cheezy Fingertips, Donat, Bolu Kukus dan Japanese Steam Cake.

2.    Tepung premium Cakra Kembar Emas (CKE) dalam kemasan 5 kg, spesial untuk Roti, Roti Pao/Mantao, dan Roti Oriental. 

3.    Menjadi pabrik tepung terigu pertama yang memproduksi terigu dalam kemasan 1 kg atau Consumer Pack Premium (CPP) yang memiliki kandungan tambahan berupa Vitamin A, B3, dan D3, dengan merek Cakra Kembar, Segitiga Biru, dan Kunci Biru.

4.   Meluncurkan karung terigu 25 kg dengan konsep degradable atau ramah lingkungan yang diawali dengan merek Segitiga Biru dan saat ini semua kemasan tepung terigu Bogasari @ 25 kg sudah memakai kemasan degradable.

Meluncurkan terigu pertama dalam kemasan cup bernama Chesa Microwave Cup (Chesa Cup MIC) dengan 3 varian yakni Pandan, Chocolate, dan Vanilla. 
Meluncurkan 5 varian baru Chesa Box, yakni Kue Lumpur, Cheezy Fingertips, Donat, Bolu Kukus dan Japanese Steam Cake.